Τον Μεσαίωνα, και συγκεκριμένα τον 14ο αιώνα, η Βουβωνική Πανώλη, γνωστή και ως «Μαύρος Θάνατος», σκότωσε τουλάχιστον 25 εκατομμύρια ανθρώπους στην Ευρώπη, σχεδόν τον μισό πληθυσμό της. Η μεταφορά της ασθένειας είχε μάλλον γίνει από τα ποντίκια που βρίσκονταν στα αμπάρια των πλοίων, τα οποία είχαν μολυνθεί από ψύλλους και βγήκαν στη στεριά.

Ωστόσο, η επιστημονική γνώση δεν ήταν και πολύ μεγάλη εκείνα τα χρόνια. Ο κόσμος έπρεπε να στραφεί κάπου και μόνο η θρησκεία προσέφερε τη δική της απάντηση. Έτσι, η εκκλησία είπε στον κόσμο πως ο θεός τον εκδικείται για τις αμαρτίες του. Ωστόσο οι «δολοφόνοι του Χριστού» δεν άργησαν να μπουν στο προσκήνιο, αν και μέχρι τότε η εκκλησία έλεγε πως πρέπει να σέβονται τους Εβραίους γιατί ο Χριστός ήταν Εβραίος.

Σύντομα ιστορίες Εβραίων που έριχναν δηλητηριώδη σκόνη σε πηγάδια κυκλοφόρησαν σε όλη τη σημερινή Γερμανία και Γαλλία. Αυτό που ακολούθησε ήταν μια μαζική σφαγή Εβραίων με μεγάλη μάλιστα αγριότητά. Τα πηγάδια ήταν μολυσμένα από τα ποντίκια, αλλά για όλους κάποιος έπρεπε να είναι ο αποδιοπομπαίος τράγος και αυτοί ήταν για ακόμα μια φορά οι Εβραίοι.

Οι χριστιανοί τους έβλεπαν ότι δεν νοσούσαν το ίδιο, αν και πολλοί Εβραίοι πέθαναν εκείνη την εποχή. Ήταν πιο δύσκολο να κολλήσουν την ασθένεια λόγω των πολλών υγειονομικών κανόνων που τους δίδασκε η θρησκεία τους. Πλένονταν πιο συχνά, έπλεναν τα χέρια τους πολλές φορές μέσα στην ημέρα, ενώ δεν επισκέπτονταν τους αρρώστους όπως οι υπόλοιποι.

Αυτό εξόργισε όλο και περισσότερο τους Χριστιανούς, που τους ενοχοποίησαν αμέσως. Η πρώτη σφαγή για την πανούκλα εναντίον των Εβραίων έγινε στην Τουλόν το 1348, όπου λεηλατήθηκε η εβραϊκή συνοικία και σαράντα Εβραίοι δολοφονήθηκαν στα σπίτια τους. Λίγο αργότερα, η βία ξέσπασε στη Βαρκελώνη και σε άλλες πόλεις της Καταλονίας.

Το 1349, σφαγές και διώξεις εξαπλώθηκαν σε όλη την Ευρώπη, συμπεριλαμβανομένης της σφαγής της Ερφούρτης, της σφαγής της Ζυρίχης, της σφαγής της Βασιλείας και των σφαγών στην Αραγονία και τη Φλάνδρα.

Περίπου 2.000 Εβραίοι κάηκαν ζωντανοί στις 14 Φεβρουαρίου 1349 στη σφαγή του Στρασβούργου «Ημέρα του Αγίου Βαλεντίνου», όπου η πανούκλα δεν είχε πλήξει ακόμη την πόλη. Ενώ η στάχτη σιγόκαιγε, οι χριστιανοί κάτοικοι του Στρασβούργου συγκέντρωσαν για λογαριασμό τους, τα πολύτιμα υπάρχοντα των Εβραίων που δεν κάηκαν από τις φωτιές.

Τον επόμενο Σεπτέμβριο, 330 Εβραίοι κάηκαν ζωντανοί στο Κάστρο Kyburg, ανατολικά της Ζυρίχης. Στις 510 εβραϊκές κοινότητες που καταστράφηκαν αυτή την περίοδο, ορισμένα μέλη αυτοκτόνησαν για να αποφύγουν τις διώξεις.
Την άνοιξη του 1349, η εβραϊκή κοινότητα στη Φρανκφούρτη εκμηδενίστηκε. Ακολούθησε η καταστροφή των εβραϊκών κοινοτήτων στο Μάιντς και την Κολωνία. Οι 3.000 εβραίοι κάτοικοι του Μάιντς αρχικά αμύνθηκαν και κατάφεραν να συγκρατήσουν τους χριστιανούς που τους επιτέθηκαν. Ωστόσο, οι Χριστιανοί κατάφεραν να συντρίψουν στο τέλος το εβραϊκό γκέτο και σκότωσαν όλους τους Εβραίους που ζούσαν εκεί.

Αλλού, εβραϊκά πτώματα τοποθετήθηκαν σε βαρέλια κρασιού και ρίχτηκαν στον Ρήνο. Στα τέλη του 1349, τα χειρότερα πογκρόμ είχαν τελειώσει στη Ρηνανία. Ωστόσο, οι σφαγές των Εβραίων άρχισαν να αυξάνονται κοντά στις κωμοπόλεις Hansa στις ακτές της Βαλτικής και στην Ανατολική Ευρώπη. Μέχρι το 1351, είχαν σημειωθεί 350 περιστατικά αντιεβραϊκών πογκρόμ και 60 μεγάλες και 150 μικρές εβραϊκές κοινότητες είχαν εξοντωθεί.

Το 1350, η πανούκλα άρχισε να υποχωρεί. Το ίδιο συνέβη και με τη βία εναντίον των Εβραίων. Ωστόσο οι διακρίσεις και ο ρατσισμός παρέμεινε. 20 χρόνια μετά τον Μαύρο Θάνατο, η σφαγή των Βρυξελλών εξάλειψε τη βελγική εβραϊκή κοινότητα. Η σφαγή του Σαφχάουζεν το 1401, οι εντολές απέλασης κατά των Εβραίων στη Ζυρίχη και η οριστική εκδίωξή τους από την πόλη το 1634, συνέβαλαν στη μαζική μετανάστευση στην Ανατολική Ευρώπη.

Μία από τις πιο σημαντικές μακροπρόθεσμες συνέπειες του Μαύρου Θανάτου στην Ευρώπη ήταν η μετανάστευση των Εβραίων στην Πολωνία. Η μετανάστευσή τους στην Πολωνία ήταν μια προσπάθεια να ξεφύγουν από τον διωγμό που υφίσταντο στη Δυτική Ευρώπη. Αυτό το γεγονός είναι ένας από τους σημαντικότερους παράγοντες που συνέβαλαν στην ύπαρξη μεγάλου πληθυσμού Εβραίων στην Πολωνία στις αρχές του 20ου αιώνα. Περίπου 3,5 εκατομμύρια Εβραίοι ζούσαν στην Πολωνία την εποχή της ανόδου του Αδόλφου Χίτλερ στην εξουσία.

Ο Χίτλερ φυσικά τους έβαλε στο στόχαστρο από τη Γερμανία, αλλά ήταν λόγω αυτού του πληθυσμού που ξεκίνησε τον πόλεμο από την Πολωνία και έχτισε εκεί πολλά στρατόπεδα συγκέντρωσης. Δεν ήταν φυσικά ο πρώτος που τους κυνήγησε, αλλά εκείνος που το έκανε με ακόμα μεγαλύτερη αγριότητα απ’ ότι ήδη το είχαν κάνει οι προηγούμενοι.