To 1979 η στρατιωτική κυβέρνηση του Ελ Σαλβαδόρ ανέτρεψε με πραξικόπημα τον πρόεδρο Ουμπέρτο Ρομέρο. Οι ΗΠΑ είδαν αυτό το πραξικόπημα με πολύ καλό μάτι, αφού είχε προηγηθεί η ανεπιθύμητη ανατροπή του καθεστώτος Σομόζα στην Νικαράγουα. Αποφάσισαν λοιπόν να βοηθήσουν την χούντα στρατιωτικά και οικονομικά.
Η χούντα παρόλη την προσπάθειά της για φιλολαϊκές μεταρρυθμίσεις, προχωρούσε σε βίαιες καταστολές με πολλούς νεκρούς. Ο εμφύλιος της Νικαράγουα είχε μόλις αρχίσει. Το 1981, οι αριστερές οργανώσεις ενώθηκαν και κήρυξαν πόλεμο στην δεξιά κυβέρνηση του Ελ Σαλβαδόρ. Η σφαγή του Ελ Μοσότε, στις 11 Δεκεμβρίου, έμεινε στην ιστορία ως μια από τις πιο βάναυσες, άδικες και βίαιες μαζικές δολοφονίες αμάχων στην ιστορία.
Το Ελ Μοσότε είχε κρατήσει ουδέτερη στάση την περίοδο του εμφυλίου. Οι κάτοικοί του ήταν προτεστάντες, με τους καθολικούς να είναι αυτοί που υποστήριζαν περισσότερο τους αριστερούς αντάρτες. Είχαν πουλήσει κάποιες φορές διάφορα εφόδια, όμως είχαν καταστήσει σαφές στους αντάρτες ότι στο χωριό τους δεν θα έβρισκαν εθελοντές για τον αγώνα τους.
Στις 10 Δεκεμβρίου, μια μονάδα στρατού που είχε εκπαιδευτεί στις ΗΠΑ, έφτασε στο Ελ Μοσότε, ύστερα από μάχη με τους αντάρτες. Ο στρατός βρήκε στο χωριό εκτός από τους κατοίκους και μερικούς αγρότες, που πιθανόν να είχαν προσχωρήσει στους αντάρτες και ζήτησαν καταφύγιο στο χωριό.
Οι στρατιώτες της «Attlacati Batallion», διέταξαν τους πάντες να βγουν από τα σπίτια τους και να πάνε στην πλατεία, όπου τους έβαλαν να γονατίσουν με το πρόσωπο στραμμένο στο έδαφος. Την επόμενη μέρα, στις 11 Δεκεμβρίου, χώρισαν τους άντρες από τις γυναίκες και τα παιδιά, και προχώρησαν σε βασανισμούς, ανακρίσεις και εκτελέσεις των ανδρών. Το μεσημέρι, πήραν τις γυναίκες και όσες ήταν από 10 ετών και πάνω, τις βίασαν επανειλημμένα. Αργότερα τις έστησαν απέναντι και τις σκότωσαν όλες με οπλοπολυβόλα. Τα παιδιά ήταν τελευταία. Εκεί, οι στρατιώτες χρησιμοποίησαν μαχαίρια, κόβοντας τους λαιμούς τους και κρεμόντας τα από δέντρα.
Αφού σκότωσαν ολόκληρο τον πληθυσμό του χωριού, έβαλαν φωτιά σε όλα τα κτίρια. Μ Το ίδιο βράδυ παρέμειναν στο χωριό. Την επόμενη μέρα συνέχισαν την σφαγή στο κοντινό χωριό Λος Τορίλες.
Το περιστατικό της σφαγής του Ελ Μοσότε, έγινε γνωστό 1,5 μήνα αργότερα από Αμερικανούς δημοσιογράφους. Οι δημοσιογράφοι έγραψαν ότι 730 άνθρωποι έχασαν την ζωή τους. Αργότερα η κυβέρνηση του Ελ Σαλβαδόρ αλλά και των ΗΠΑ, δεν αρνήθηκαν την σφαγή αλλά ισχυρίστηκαν πως οι σφαγιασθέντες ήταν μόλις 300!
Μετέπειτα έρευνες, ανέβασαν τον αριθμό των θυμάτων στους 900 αμάχους, αθώους πολίτες. Ο εμφύλιος πόλεμος στο Ελ Σαλβαδόρ τερματίστηκε το 1992, με τους νεκρούς να φτάνουν επίσημα τους 27.000, αλλά ο πραγματικός αριθμός να είναι πολύ μεγαλύτερος.
