To 2007 μια ανακάλυψη στην Αγία Σοφία αποκάλυψε το «κρυφό ιερό» στο οποίο είχε καταφύγει τον Μάιο του 1453 ο βυζαντινός ιερέας για να κάνει τη θεία λειτουργία που είχε διακοπεί στον ιερό της Αγίας Σοφίας μετά την εμφάνιση του Μωάμεθ του κατακτητή.

Το μυστικό δωμάτιο, που ήταν για πάνω από 35 χρόνια κλειστό, εντοπίστηκε όταν η διευθύντρια του Μουσείου της Αγίας Σοφίας (Ζαλέ Ντεντέογλου) ζήτησε να ανοιχτούν όλοι οι κλειστεί χώροι της Αγίας Σοφίας και διέταξε να παραβιάσουν την κλειδαριά του συγκεκριμένου χώρου μιας και δεν υπήρχε κλειδί.

Τότε αποκαλύφθηκε πως το δωμάτιο, υπήρξε το εργαστήρι του Γκάσπαρο Φοσάτι ο οποίος αναστήλωσε πλήρως το μνημείο στη διάρκεια της περιόδου 1847-1849. Με την βοήθεια της έρευνας του καθηγητή Πολυχρόνη Ενεπεκίδη αποδείχτηκε ότι ο Φοσάτι είχε απλώς μετατρέψει επιδέξια σε γραφείο του την κρύπτη διατηρώντας την ανέπαφη σε μεγάλο βαθμό.

Η κρύπτη αυτή αποτελεί κατά την ελληνική παράδοση το "κρυφό ιερό" όπου συνεχίστηκε από τον ιερέα η λειτουργία και έκλεισε ερμητικά μετά το πέρας της σε μια προσπάθεια να διατηρηθεί ανέπαφη.