Το χρονικό της κρίσης των Ιμίων ξεκίνησε ήδη από τα Χριστούγεννα του 1995, όταν ένα τουρκικό φορτηγό πλοίο προσάραξε στα Ίμια. Ακολούθησαν εκατέρωθεν απειλές, με την κορύφωση να έρχεται στις 31 Ιανουαρίου του 1996.

Ο δήμαρχος Καλύμνου είχε υψώσει την ελληνική σημαία στα Ίμια στις 25 Ιανουαρίου, ενώ την επόμενη μέρα δυο δημοσιογράφοι της «Χουριέτ», υπέστειλαν την ελληνική σημαία και ύψωσαν την τουρκική. Δυο μέρες αργότερα, το περιπολικό του Πολεμικού Ναυτικού «Αντωνίου», κατέβασε ξανά την τουρκική σημαία και ανέβασε την ελληνική.

Η τότε πρωθυπουργός της Τουρκίας,Τανσού Τσιλέρ, δήλωσε στην βουλή της Τουρκίας στις 30 Ιανουαρίου, ότι την επόμενη κιόλας μέρα η ελληνική σημαία θα έχει κατέβει από τα Ίμια. Στις 1.40 της 31ης Ιανουαρίου, οι τουρκικές ειδικές δυνάμεις αποβιβάζονται στη Μικρή Ίμια. Λίγο μετά τα μεσάνυχτα, συγκαλείται σύσκεψη στο γραφείο του Πρωθυπουργού Κώστα Σημίτη, με τον υπουργό Εξωτερικών Θεόδωρο Πάγκαλο να καθυστερεί, επειδή βρισκόταν σε τηλεοπτική εκπομπή.

Στις 4.30, ένα ελικόπτερο του Ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού, απονηώνεται από την φρεγάτα «Ναυαρίνο», για να επιβεβαιώσει την πληροφορία ότι οι Τούρκοι αποβιβάστηκαν στη βραχονησίδα. Το πλήρωμα είναι τριμελές και αποτελείται από τον υποπλοίαρχο Χριστόδουλο Καραθανάση, τον υποπλοίαρχο Παναγιώτη Βλαχάκο και τον αρχικελευστή, Έκτορα Γιαλοψό.

20 λεπτά αργότερα το πλήρωμα του ελικοπτέρου αναφέρει πως εντόπισε 10 Τούρκους κομάντος και την σημαία τους. Λαμβάνει σήμα να επιστρέψει, αλλά λίγη ώρα αργότερα και ενώ βρίσκεται ανάμεσα στις βραχονησίδες, Πίτα και Καλόλιμνο, αναφέρει βλάβη και χάνεται από τα ραντάρ. Το ελικόπτερο κατέπεσε στο Αιγαίο με αποτέλεσμα οι τρεις Έλληνες αξιωματικοί του πληρώματος να χάσουν τη ζωή τους.

Η επίσημη άποψη του ελληνικού κράτους αναφέρει ότι τα αίτια της πτώσης ήταν η κακοκαιρία και μια κάποια απώλεια του προσανατολισμού του πιλότου. Όμως, υπάρχουν πολλές εκδοχές για τα αίτια τις πτώσης του μοιραίου ελικοπτέρου.

Στην Ελλάδα υπάρχει η διαδεδομένη άποψη πως το ελικόπτερο καταρρίφθηκε, είτε από το τουρκικό Πολεμικό Ναυτικό, είτε από τους κομάντος που βρίσκονταν εκείνη την στιγμή στα Ίμια. Η ίδια άποψη υποστηρίζει πως η αλήθεια δεν βγήκε ποτέ στο προσκήνιο με σκοπό να εκτονωθεί η κρίση των Ιμίων, αφού Ελλάδα και Τουρκία βρέθηκαν ένα βήμα πριν από τη γενικευμένη σύρραξη και τον πόλεμο.

Στις 6 τα ξημερώματα, οι Αμερικανοί, που θεωρείται ότι έπαιξαν καταλυτικό ρόλο ως προς την έκβαση των εξελίξεων, δια στόματος του υφυπουργού Εξωτερικών Ρίτσαρντ Χόλμπρουκ, επιβάλλουν τη θέληση τους «No ships, no troops, no flags», που σημαίνει «Όχι πλοία, όχι στρατιώτες, όχι σημαίες». Μέχρι το μεσημέρι της ίδιας μέρας, τα πάντα είχαν αποσυρθεί από την περιοχή των Ιμίων, ακόμα και οι σημαίες.

Η κρίση των Ιμίων, που διήρκησε περισσότερο από έναν μήνα, δεν έφερε αλλαγές στο καθεστώς των νησιών, αλλά έδωσε την αφορμή που ζητούσαν οι Τούρκοι για τις «γκρίζες ζώνες» στο Αιγαίο. Αμφισβήτησαν έτσι την κυριαρχία της Ελλάδας σε πολλά νησιά του Αιγαίου. Η ελληνική πλευρά, επικαλούμενη διεθνείς συνθήκες, απέρριψε κατηγορηματικά την ύπαρξη ζητήματος.