Σε δημοσιεύματα, στα οποία αναφέρεται ότι καταργείται η προσευχή στα σχολεία, απαντά η Ιερά Σύνοδος, διευκρινίζοντας ότι «η πρωινή προσευχή στα σχολεία συνεχίζει να προβλέπεται στο άρθρο 13 παρ. 5 εδάφιο α του Προεδρικού Διατάγματος 201/1998 (ΦΕΚ Α’ 161/1998)».

Όπως σημειώνει ακόμη, η συγκεκριμένη διάταξη επαναλαμβάνεται στην εγκύκλιο του υπουργείου Παιδείας, η οποία υπενθυμίζει ότι: «Τέλος εφαρμόζονται οι προβλέψεις του Π.Δ. 201/98 (ΦΕΚ 161 τ. Α’), άρθρο 13, παρ. 5, εδάφιο α και β και παρ. 10, εδάφιο δ». Ειδικότερα, κατά το άρθρο 13 παρ. 5 εδάφιο α του Προεδρικού Διατάγματος 201/1998 προβλέπεται ότι: «α. Πριν από την έναρξη των μαθημάτων πραγματοποιείται κοινή προσευχή των μαθητών και του διδακτικού προσωπικού στο προαύλιο του σχολείου με ευθύνη των εκπαιδευτικών που εφημερεύουν...».

Την ίδια ώρα, με την ευκαιρία ενάρξεως του σχολικού έτους, η Εκκλησία της Ελλάδος «καλεί και παρακαλεί, προσεύχεται στον Θεό να ενδυναμώσει, όλα τα μέλη της σχολικής κοινότητος (καθηγητές, δασκάλους, μαθητές, διοικητικό προσωπικό, γονείς), ιδιαίτερα δε την ηγεσία του Υπουργείου Παιδείας, να συμβάλλουν με όλες τις δυνάμεις τους, ώστε το ελληνικό σχολείο να αποτελέσει αντίβαρο ποιοτικής εκπαιδεύσεως, συνολικής μορφώσεως, ενδυναμώσεως και αισιοδοξίας απέναντι στην πολύπλευρη κρίση που ταλανίζει τον λαό μας.

Μέσα στις σχολικές τάξεις προετοιμάζεται η αυριανή μας πατρίδα, φωτεινότερη, με επίγνωση της ιστορίας και των αξιών της παραδόσεώς μας, με ετοιμότητα να διαλεχθεί με την σύγχρονη πραγματικότητα, χωρίς να χάσει την ταυτότητά της. Καλούμε την ελληνική κοινωνία να στηρίξει με κάθε τρόπο τον εκπαιδευτικό κάθε βαθμίδας, θεωρώντας το έργο του εθνική επένδυση μεγίστης σημασίας.

Στο έργο αυτό, η Εκκλησία τάσσεται αρωγός, έτοιμη πάντοτε να συμβάλλει στην πνευματική καλλιέργεια των μαθητών και στην υποστήριξη της κάθε ανάγκης τους».