Ο ηγέτης του ακροδεξιού κόμματος δεν είναι άγνωστος στη Δικαιοσύνη, καθώς έχει συλληφθεί αρκετές φορές μέχρι σήμερα, ενώ μάλιστα είχε καθαιρεθεί και απ' το βαθμό του έφεδρου ανθυπολοχαγού για εκρηκτικά.

Για πρώτη φορά η δράση του γίνεται ευρύτερα γνωστή όταν συλλαμβάνεται τον Ιούλιο του 1974 έξω από τη Βρετανική Πρεσβεία στο Κολωνάκι, διαμαρτυρόμενος για τη στάση της Μεγάλης Βρετανίας κατά τη διάρκεια της τουρκικής εισβολής στην Κύπρο.

Το 1976 συλλαμβάνεται και πάλι για επίθεση κατά δημοσιογράφων που κάλυπταν την κηδεία του εκτελεσθέντα από τη 17 Νοέμβρη βασανιστή της χούντας, Ευάγγελου Μάλλιου.

Στις 31 Ιουλίου 1978 ανακοινώθηκε η σύλληψή του μαζί με άλλους για σειρά βομβιστικών ενεργειών στην Αθήνα, ενώ ταυτόχρονα καθαιρέθηκε από το βαθμό του αξιωματικού των Ειδικών Δυνάμεων. Αρχικά παραπέμφθηκε στον ανακριτή για παράβαση του νόμου 774/78 «περί καταστολής της τρομοκρατίας» σε βαθμό κακουργήματος. Με βούλευμα του δικαστικού συμβουλίου παραπέμφθηκε στο πενταμελές εφετείο για παράβαση του νόμου 495/76 «περί όπλων και εκρηκτικών υλών» ως ένοχος για συμμετοχή σε τρομοκρατική οργάνωση μαζί με τους Α. Καλέντζη, Α. Πρωτοπαπά, Θ. Παπουτσά, Λ. Παξινόπουλο, Ν. Τσάμη, Ι. Γιαννόπουλο και συντονιστή το λοχαγό Τζαβέλα. Μετά από μετατροπή της κατηγορίας σε πλημμέλημα καταδικάστηκε σε φυλάκιση 13 μηνών. Υπάρχουν έγγραφα της εποχής που θέλουν τον Νίκο Μιχαλολιάκο, κατά τη δεύτερη κατάθεσή του στις 27/7/1978, να καταδίδει στην Αστυνομία τα υπόλοιπα μέλη της οργάνωσης στην οποία συμμετείχε. Ο Μιχαλολιάκος φέρεται να έδωσε 8 ονόματα συνεργατών του, που οι ποινές τους κυμάνθηκαν από 5 μέχρι 12 χρόνια φυλάκιση, ενώ η ποινή του Μιχαλολιάκου περιορίστηκε στους 13 μήνες.

Στις 28 Σεπτεμβρίου 2013 συλλαμβάνεται για μια ακόμα φορά στα πλαίσια της έρευνας για τη δράση της Χρυσής Αυγής και με την κατηγορία της σύστασης εγκληματικής οργάνωσης, σύμφωνα με το άρθρο 187 του Ποινικού Κώδικα. Η δολοφονία του Παύλου Φύσσα στις 18 Σεπτεμβρίου 2013 στάθηκε η αφορμή ώστε η Ελληνική Κυβέρνηση να ξεκινήσει συστηματική έρευνα για τη δράση της Χρυσής Αυγής.

Έτσι, φτάνουμε στο σήμερα και σε άλλη μία σύλληψή του, η οποία, όπως όλα δείχνουν, θα συνοδεύεται από βαριά ποινή.