Η ντομάτα κατάγεται από τις κάτω ¶νδεις και την καλλιεργούσαν οι Αζτέκοι στο Μεξικό. Η λέξη των Αζτέκων «tomatl» σήμαινε απλά «αφράτο φρούτο» και οι Ισπανοί κατακτητές την ονόμασαν «tomate». Η ντομάτα έφθασε, πιθανώς, πρώτα στη Σεβίλλη, ένα σημαντικό κέντρο του διεθνούς εμπορίου. Το 1544, ο Ιταλός βοτανολόγος Mattioli αναφέρθηκε στους κίτρινους καρπούς της τοματιάς ως «mala aurea», το χρυσό μήλο, και αργότερα, το 1554, ανέφερε μια κόκκινη ποικιλία. Αν και η ντομάτα θεωρείται λαχανικό, λόγω των κύριων μαγειρικών χρήσεών της, είναι πραγματικά φρούτο, που ανήκει στην οικογένεια των σολανιδών.

Για πρώτη φορά οι επιστήμονες κατάφεραν να σπάσουν τον γενετικό κώδικα της... ντομάτας και ανακάλυψαν ότι η ντομάτα διαθέτει 7.000 περισσότερα γονίδια από τον άνθρωπο. Ανακάλυψαν επίσης, ότι η ντομάτα και η πατάτα έχουν κοινό το 92% των γονιδίων τους. Και φυσικά η νέα μελέτη αναμένεται να φέρει ξανά στο προσκήνιο το αιώνιο ερώτημα: είναι η ντομάτα τελικά λαχανικό ή φρούτο; Το Ανώτατο Δικαστήριο των ΗΠΑ έχει γνωμοδοτήσει υπέρ του λαχανικού, αλλά οι περισσότεροι επιστήμονες ψηφίζουν υπέρ του φρούτου, καθώς η σάρκα της είναι πολτώδης και περιέχει μαλακά σπόρια.