Ο Matthew Perry λέγεται ότι είχε ένα σύντομο φλερτ με τη στάρ των Gilmore Girls, Lauren Graham, η οποία έγινε γνωστή για τον πρωταγωνιστικό της ρόλο, ως Lorelai Gilmore.

Το 2003, οι δύο Αμερικανοί τηλεοπτικοί αστέρες είχαν ρομαντική σχέση, αν και δεν επιβεβαιώθηκε ποτέ επίσημα το ειδύλλιο. Η μόνη αναφορά ήταν από τη Lauren, η οποία σχολίασε απλά ότι πρόκειται για "φλερτ".

Λίγους μήνες μετά τις έντονες φήμες, ο Perry ήταν ξανά ελεύθερος, χωρίς εμφανείς κακές σχέσεις μεταξύ των δύο, ενώ μάλιστα στο μέλλον συνεργάστηκαν για τις ανάγκες της ταινίας 'Birds of America" το 2008. Ενώ η ηθοποιός, εμφανίστηκε επίσης δίπλα στον Perry σε ένα επεισόδιο του "The Odd Couple", το οποίο προβλήθηκε από το 2015 έως το 2017.

Στο βιβλίο του που κυκλοφόρησε πέρυσι με τίτλο "Friends, Lovers and The  Big Terrible Thing", σχολίασε πολλά για τις σχέσεις του. Αν και δεν ανέφερε ονομαστικά μερικές από τις παλιές φίλες του στο βιβλίο, άνοιξε τα χαρτιά του σχετικά με τις διάσημες συντρόφους του, όπως η Gwyneth Paltrow και η Julia Roberts.

Ο Perry δεν παντρεύτηκε ποτέ, αν και αρραβωνιάστηκε το 2020 τη Molly Hurwitz και χώρισαν ένα χρόνο μετά.