Σχεδόν 70 χρόνια μετά το τέλος της επανάστασης και με την Ελλάδα να αποτελείται από την Πελοπόννησο, την Στερεά Ελλάδα, την Θεσσαλία και τα νησιά του Ιονίου, προέκυψε το κρητικό ζήτημα. Κάτι που ήταν και η αφορμή ώστε το Βασίλειο της Ελλάδας και η Οθωμανική αυτοκρατορία να κηρύξουν τον πόλεμο τον Απρίλιο του 1897. Ο πόλεμος κράτησε λίγο περισσότερο από έναν μήνα και τελείωσε με μια ταπεινωτική ήττα της Ελλάδας που μαζί του έφερε και εξαντλητικές συνέπειες για το ελληνικό κράτος.

Το 1896 ο πρωθυπουργός Θεόδωρος Δηλιγιάννης, εκτός από τα πολλά οικονομικά προβλήματα, είχε να αντιμετωπίσει και την κατάσταση στην Κρήτη, που τότε βρισκόταν υπο οθωμανικό ζυγό. Η διακυβέρνηση του ελληνικής καταγωγής Καραθεοδωρή Πασά είχε αποτύχει και οι Τουρκοκρητικοί είχαν εξοργιστεί. Εξεγέρσεις και δολοφονίες χριστιανών προκρίτων ακολούθησαν, με τον αντικαταστάτη του στην διακυβέρνηση να αποτυγχάνει επίσης.

Οι Μεγάλες Δυνάμεις προέτρεψαν να αναλάβει κυβερνήτης ο χριστιανός Γεώργιος Βέροβιτς, πρώην διοικητής της Σάμου. Όμως η κατάσταση παρέμεινε έκρυθμη. Οι χριστιανοί Έλληνες της Κρήτης, το 80% του πληθυσμού του νησιού, ζητούσαν αυτονομία.

Στις 24 Ιανουαρίου του 1897, οι μουσουλμάνοι προέβησαν σε σφαγές χριστιανών στα Χανιά. Ο πρωθυπουργός Δηλιγιάννης, υπό την πίεση των λαϊκών αντιδράσεων, αναγκάστηκε να στείλει στρατό στην Κρήτη, γνωρίζοντας πως η «Υψηλή Πύλη» θα το θεωρούσε αιτία πολέμου. Πολεμικά πλοία κατευθύνθηκαν προς το νησί και ο συνταγματάρχης Τιμολέων Βάσσος με χίλιους άνδρες αποβιβάσθηκε στον όρμο του Κολυμπαρίου.

Με την παρουσία ελληνικών δυνάμεων στην Κρήτη, ο Σουλτάνος δεν είχε άλλη επιλογή, από το να κηρύξει πόλεμο στην Ελλάδα. Και το έκανε στις 5 Απριλίου. Οι πολεμικές επιχειρήσεις ξεκίνησαν στα θεσσαλικά σύνορα, όπου οι Οθωμανοί συγκέντρωσαν 121.500 άντρες και 1.300 ιππείς, ενώ οι ελληνικές δυνάμεις παρέταξαν 54.000 άνδρες και 500 ιππείς.

Στις 11 Απριλίου οι Οθωμανοί εισήλθαν σε ελληνικό έδαφος και διέσπασαν τις ελληνικές δυνάμεις. Οι Έλληνες στρατιώτες υποχώρησαν άτακτα και συμπτύχθηκαν στα Φάρσαλα, όπου αντέταξαν γραμμή άμυνας. Η Λάρισα καταλήφθηκε από τους Τούρκους στις 13 Απριλίου, αφού είχε εκκενωθεί από τους κατοίκους της.

Με πεσμένο ηθικό, οι Έλληνες υπέστησαν νέα ήττα στα Φάρσαλα στις 24 Απριλίου. Υπό τον συνταγματάρχη Σμολένσκη, εγκατέλειψαν το Βελεστίνο και προετοίμασαν νέα γραμμή άμυνας στον Δομοκό, αλλά ο τουρκικός στρατός πέτυχε νέα νίκη στις 5 Μαΐου. Ο Σμολένσκης πήρε διαταγή από τον Κωνσταντίνο να κρατήσει το πέρασμα στις Θερμοπύλες, αλλά τότε επενέβησαν οι Μεγάλες Δυνάμεις.

Ο τσάρος Νικόλαος Β’, συγγενής του Βασιλιά Γεώργιου Α’, έπεισε τον Σουλτάνο να διατάξει κατάπαυση του πυρός. Το πρωτόκολλο υπογράφτηκε στις 8 Μαΐου, στο χωριό Ταράτσα της Λαμίας, με τους Τούρκους να έχουν καταλάβει ολόκληρη την Θεσσαλία. Οι απώλειες για την ελληνική πλευρά ήταν 672 νεκροί και 2.383 τραυματίες, ενώ για την τουρκική, 1.111 νεκροί και 3.238 τραυματίες.

Οι αιτίες για την εθνική ντροπή του 1897, ήταν η έλλειψη διορατικότητας των πολιτικών και η μη επαρκής προετοιμασία του ελληνικού στρατού. Το οριστικό τέλος του ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897 γράφτηκε τον Νοέμβριο στην Κωνσταντινούπολη, με τις εδαφικές απώλειες να είναι μικρές, αφού με την συμφωνία που συνέταξαν οι Μεγάλες Δυνάμεις, η Ελλάδα πήρε πίσω την Θεσσαλία, την οποία έχασε στο πεδίο της μάχης.

Ωστόσο η πτωχευμένη Ελλάδα, κλήθηκε να καταβάλει υπέρογκη αποζημίωση ύψους 4 εκατομμυρίων τουρκικών λιρών, αναγκαζόμενη να δανειστεί για άλλη μια φορά. Τέθηκε υπό Διεθνή Οικονομικό Έλεγχο και αυτό είχε ως συνέπεια να εκχωρήσει πηγές των δημοσίων εσόδων στους πιστωτές της και να δημιουργηθούν έτσι τα περίφημα μονοπώλια στο τσιγαρόχαρτο, το αλάτι, το πετρέλαιο, τον καπνό, τα σπίρτα και τα τραπουλόχαρτα.

Το μόνο θετικό ήταν η αποχώρηση των Οθωμανών από την Κρήτη, η οποία κέρδισε της αυτονομία της, ως πρώτο στάδιο για την ενσωμάτωσή της στην Ελλάδα. Η φτωχή Ελλάδα σήκωσε κεφάλι και 15 χρόνια αργότερα θα γραφτεί το έπος των Βαλκανικών Πολέμων του 1912-1913.