Παρά τη δυναμική χημεία που παρουσίαζε το εμβληματικό δίδυμο των X-Files μπροστά από τις κάμερες, η ατμόσφαιρα άλλαζε δραματικά όταν τα φώτα έσβηναν.

Η τεταμένη σχέση μεταξύ των Gillian Anderson και David Duchovny, πρωταγωνιστών του The X-Files, έγινε φανερή στο κοινό το 1997, κατά τη διάρκεια των Χρυσών Σφαιρών. Οι πιο παρατηρητικοί πρόσεξαν ότι η Anderson, στην αποδοχή του βραβείου της για Καλύτερη Ηθοποιό σε Δραματική Σειρά Τηλεόρασης, παρέλειψε να ευχαριστήσει τον Duchovny, αν και εκείνος είχε εκφράσει τη βαθιά του ευγνωμοσύνη προς εκείνη στη δική του ομιλία για το Βραβείο Καλύτερου Ηθοποιού στην ίδια κατηγορία. Όταν η κάμερα εστίασε στην Anderson κατά τη διάρκεια της ομιλίας του Duchovny, φάνηκε εμφανώς δυσαρεστημένη.

Σε μεταγενέστερες συνεντεύξεις, και οι δύο ηθοποιοί αναγνώρισαν ότι είχαν μια δύσκολη σχέση, χωρίς ωστόσο να δώσουν λεπτομέρειες για τα αίτια της. Η Anderson μάλιστα είχε συγκρίνει δημόσια τη σχέση τους με ... γάμο. Δεδομένου του μεγάλου χρόνου που περνούσαν μαζί, δεν είναι παράξενο που προέκυψαν εντάσεις. Παρά τις προκλήσεις που αντιμετώπισαν, το The X-Files παρέμεινε διαρκώς υψηλής ποιότητας καθ' όλη τη διάρκεια της προβολής του, κάτι που αποδεικνύει την ικανότητα και την αφοσίωση των ηθοποιών.

Αφού ολοκληρώθηκε η σειρά, η Anderson και ο Duchovny τα βρήκαν μεταξύ τους και από τότε διατηρούν μια εξαιρετική σχέση.