Δεν ήταν μεγάλη επιστροφή για τον Αλ Καπόνε όταν βγήκε από την σχεδόν οκταετή θητεία του στη φυλακή του Αλκατράζ. Η εξουσία που κάποτε ασκούσε στην επικράτειά του στο οργανωμένο έγκλημα δεν υπήρχε πια, είχε αντικατασταθεί ως αφεντικό του Chicago Outfit μόλις πήγε στη φυλακή.

Δεν υπήρχε ευκαιρία να απολαύσει ούτε τη σύνταξη. Η σύφιλη, με την οποία προσβλήθηκε στις πρώτες μέρες της εγκληματικής του σταδιοδρομίας, προχώρησε κατά τη διάρκεια της παραμονής του πίσω από τα κάγκελα, καταστρέφοντας το σώμα και το μυαλό του. Η ασθένεια τον βοήθησε να αποφυλακιστεί πρόωρα, αλλά η υγεία του συνέχισε να χειροτερεύει αφού όταν έφυγε από ένα κελί στο Αλκατράζ για την έπαυλή του στη Φλόριντα.

Σύμφωνα με το περιοδικό Smithsonian, ο Καπόνε πέρασε τις τελευταίες του μέρες με τη νοητική ικανότητα ενός 12χρονου. Καθόταν με τις πιτζάμες του μιλώντας με φίλους και αντιπάλους που είχαν πεθάνει εδώ και καιρό, ή είχε ξεσπάσματα που η οικογένειά του φοβόταν ότι θα εκληφθούν ως μυστικά. Η μαζική χρήση πενικιλίνης βοήθησε στην επιβράδυνση της εξέλιξης της σύφιλης του, αλλά ήταν πολύ αργά για να αποφευχθεί ή να αντιστραφεί η βλάβη στον εγκέφαλό του. Μια εβδομάδα μετά από ένα κοινό πάρτι γενεθλίων με την εγγονή του, ο Καπόνε υπέστη εγκεφαλικό, ακολουθούμενο από πνευμονία. Πέθανε στις 25 Ιανουαρίου 1947, σε ηλικία μόλις 48 ετών.

Μετά τον θάνατο, ο Καπόνε επέστρεψε στο Σικάγο του Ιλινόις, όπου είχε γίνει τόσο διαβόητος και είχε συγκεντρώσει τόσο πλούτο και δύναμη, πριν μεταφερθεί. Αλλά το σώμα του προετοιμάστηκε στο Μαϊάμι και η επιστροφή του στο σπίτι δεν θα ήταν τόσο πολυτελής που είχαν άλλοι νονοί της Μαφίας.

Η επίσημη αιτία θανάτου του Αλ Καπόνε ήταν η καρδιακή ανεπάρκεια, μετά από το εγκεφαλικό και την πνευμονία του. Το σώμα του προετοιμάστηκε από τον Λούις Ράγκο, έναν νεκροθάφτη που ήρθε με πτήση από το Σικάγο, ο οποίος ίδρυσε ένα από τα πρώτα γραφεία τελετών στο Σικάγο. Ο Καπόνε ήταν ντυμένος με ένα διπλό μπλε κοστούμι με μαύρη γραβάτα, ασπρόμαυρα παπούτσια και μαύρες μεταξωτές κάλτσες. Το φέρετρό του ήταν φτιαγμένο από μπρούτζο και κόστισε 2.000 δολάρια.

Πριν από την επιστροφή του στο Σικάγο, το ντυμένο και προετοιμασμένο σώμα του Καπόνε ήταν σε ένα ανοιχτό φέρετρο σε ένα γραφείο τελετών στο Μαϊάμι Μπιτς. Δεν γνωρίζουμε τα ονόματα των περισσότερων από τους πενθούντες σε εκείνο το διάστημα. Η οικογένεια του Καπόνε ήθελε επίσης να κρατήσει τη διαδικασία ως μια μικρή, ιδιωτική υπόθεση. Αλλά μερικοί υπάλληλοι του γραφείου τελετών είπαν στους φίλους τους ότι φιλοξενούσαν τον πιο γνωστό μαφιόζο της χώρας και αυτοί οι φίλοι αποφάσισαν να ρίξουν μια ματιά και μόνοι τους.

Ως φίλοι εργαζομένων στο γραφείο κηδειών, δεν είχαν κανένα πρόβλημα να περάσουν τους φρουρούς. Έφεραν μαζί μια φωτογραφική μηχανή και πήραν πολλές φωτογραφίες από το σώμα του Καπόνε. Ο συνεργός τους στο γραφείο τελετών τους έπεισε αργότερα να παραδώσουν τα αρνητικά στον γιατρό του Καπόνε και να μην μιλήσουν ποτέ για το περιστατικό. Ωστόσο, ο φωτογράφος κράτησε ένα σετ αποτυπωμάτων, τα οποία επανεμφανίστηκαν δεκαετίες αργότερα και παρείχαν τις μόνες γνωστές εικόνες του σώματος του Καπόνε μετά τον θάνατο.

Δεν είναι γνωστό πώς ο Αλ Καπόνε επέστρεψε στο Σικάγο για την κηδεία και την ταφή του. Αναφέρθηκε τότε ότι το ταξίδι αναμενόταν να διαρκέσει έως και δύο ημέρες με το αυτοκίνητο και πιθανότατα θα μοιραζόταν μεταξύ δύο οδηγών, αλλά το σώμα του Καπόνε μπορεί να έκανε μέρος ή όλο το ταξίδι με τρένο. Δεκαετίες αργότερα, αναφέρθηκε στο Chicago Tribune ότι ο Λούις Ράγκο και ο αδελφός του Τζο έφεραν μαζί τους το σώμα του Καπόνε όταν επέστρεψαν από το Μαϊάμι, αλλά αυτό αργότερα αντικρούστηκε από ένα άλλο άρθρο στην ίδια εφημερίδα.

Ωστόσο, ο Καπόνε δεν είχε μια μεγαλειώδη κηδεία με χιλιάδες θρηνητές α λα «Ο Νονός». Ο Λουί Χ. Ράγκο, επέμεινε ότι η κηδεία δεν τελέστηκε στο γραφείο τελετών του πατέρα του. Αντίθετα, είπε ότι το σώμα του Καπόνε περισυνελέγη και μεταφέρθηκε σε άλλη εκκλησία για μια μικρή, ιδιωτική λειτουργία πριν από την ταφή στο νεκροταφείο του Όρους Όλιβετ στις 4 Φεβρουαρίου του 1947. Τάφηκε κοντά στον πατέρα και τον αδελφό του. Παραβρέθηκαν περίπου 70 με 80 άτομα, αλλά ήταν μια μέτρια λειτουργία και μόνο δύο αστυνομικοί ήταν παρόντες για να παρακολουθήσουν τη διαδικασία.

Έχει αναφερθεί ότι το σώμα του Καπόνε μεταφέρθηκε στο νεκροταφείο του όρους Κάρμελ λίγα χρόνια μετά την ταφή του. Υπάρχει ένας τάφος γι 'αυτόν εκεί, αν και τα αρχεία της μετεγκατάστασης έχουν κρατηθεί ιδιωτικά.