Μια Μονή στην καρδιά της πόλη δεν είναι κάτι που συναντούμε συχνά, είναι μια μικρή όαση ηρεμίας που απέχει από την φασαρία των κεντρικών δρόμων μερικά μόλις μέτρα

Στην περίπτωση της Ιεράς Μονής Αγίας Θεοδώρας, συμβαίνει ακριβώς αυτό - βρίσκεται μέσα στο πολύβουο αστικό κέντρο αλλά έχει το δικό της μικρόκοσμο. 

Το 1430 με την άλωση της Θεσσαλονίκης, η Μονή δεν μετατράπηκε σε τζαμί και μάλιστα ήταν από τα ελάχιστα μοναστήρια που συνέχισαν τη λειτουργία τους και μετά την άλωση της Θεσσαλονίκης. Την ίδια περίοδο η γυναικεία ιερά μονή της αγίας Θεοδώρας αριθμούσε διακόσιες (200) μοναχές. Η μονή ονομαζόταν τουρκικά Kizlar Manastir (Μοναστήρι των Κοριτσιών), αν και η τουρκική της ονομασία δεν επικράτησε μεταξύ των χριστιανικών πληθυσμών, οι οποίοι εξακολουθούσαν να την αποκαλούν με το αρχικό της όνομα. 

Το 18ο αιώνα σταμάτησε να λειτουργεί ως Μονή και λειτουργούσε πλέον ως ενοριακός ναός.

Η πυρκαγιά του 1917 κατέστρεψε ολοκληρωτικά το καθολικό της Μονής εκτός από το κωδωνοστάσιο. Ο νέος ναός κτίστηκε το 1935 δίπλα στον κατεστραμμένο και στο καθολικό της φυλάσσεται το μυρόβλητο λείψανο της Αγίας Θεοδώρας.

Από το 1974 λειτουργεί ως ανδρική μονή, ενώ το 1989 ιδρύεται στο χώρο της το Κέντρο Αγιολογικών Μελετών της Ιεράς Μητροπόλεως Θεσσαλονίκης. Η Μονή συντηρεί με δικούς της πόρους το οικοτροφείο του Αγίου Αντωνίου και προβαίνει σε εκδόσεις βιβλίων.