Η κυβέρνηση που σχημάτισε ο Κώνσταντίνος Μητσοτάκης το 1990 πέρασε από χίλια κύματα. Μετά από τρείς εκλογικές αναμετρήσεις και την Οικουμενική Κυβέρνηση του Ξενοφώντα Ζολώτα, στις 11 Απριλίου, η ΝΔ κατάφερε να σχηματίσει κυβέρνηση με οριακή πλειοψηφία 152 εδρών.

Στην κυβέρνηση Μητσοτάκη, υπουργός Εξωτερικών τοποθετήθηκε ο 39χρονος τότε Αντώνης Σαμαράς. Κατά τα δυο επόμενα χρόνια της θητείας του δέχθηκε μεγάλη κριτική για τις παράνομες μαζικές μεταναστεύσεις από την Αλβανία. Ο ίδιος υποστήριξε ότι η πτώση του Ανατολικού μπλοκ και το καθεστώς του Ενβέρ Χότζα ήταν η αιτία των μαζικών μεταναστεύσεων. Εκείνη την εποχή, αλλά και μετέπειτα, βρέθηκε πολλές φορές στο στ’όχαστρο για εκείνη την περίοδο.

Τον Απρίλιο 1992, η διαφωνία του για το «Μακεδονικό» με την παρουσίαση πρότασης επτά σημείων, έφερε την αντίδραση του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη και του Προέδρου της Δημοκρατίας, Κωνσταντίνου Καραμανλή. Λίγο αργότερα, ο πρωθυπουργός ανακοίνωσε την αποπομπή του από το αξίωμα του υπουργού.

Ακολούθησαν έξι μήνες εσωκομματικής διαμάχης. Στις 21 Οκτωβρίου του 1992, ο Αντώνης Σαμαράς παραιτήθηκε από την βουλευτική του έδρα, λόγω των διαφωνιών του για θέματα εξωτερικής πολιτικής.

Στις 30 Ιουνίου του 1993, ίδρυσε το κόμμα «Πολιτική Άνοιξη» και λίγους μήνες αργότερα προέτρεψε μερικούς βουλευτές της ΝΔ να ανεξαρτητοποιηθούν, προκαλώντας την πτώση της κυβέρνησης με την άρση της εμπιστοσύνης του βουλευτή Κιλκίς, Γιώργου Σιμπιλίδη. Η κυβέρνηση έχασε της δεδηλωμένη κοινοβουλευτική πλειοψηφία και η χώρα οδηγήθηκε σε εκλογές τον Οκτώβριο.

Εκεί ο Ανδρέας Παπανδρεού κέρδισε 170 έδρες με ποσοστό 46,88% και επανήλθε στην θέση του πρωθυπουργού. Το κόμμα του Αντώνη Σαμαρά συγκέντρωσε ποσοστό 4,88% και κατετάγη τρίτο, κερδίζοντας 10 έδρες στο ελληνικό κοινοβούλιο.