Στις 4 Νοεμβρίου του 1996, το επιβατηγό πλοίο «Σάμαινα» έπλεε στα βορειανατολικά της Σάμου, έξω από το Βαθύ, όταν στις 6.35 μμ διεμβόλισε την πυραυλάκατο «Κωστάκος», στην θαλάσσια περιοχή «Αυλάκια». Η πυραυλάκατος, που ήταν πολύ μικρότερη σε μέγεθος από το επιβατηγό πλοίο, διεμβολίστηκε σχεδόν στην μέση του σκάφους και βυθίστηκε σχεδόν αμέσως.

Η ζημιές του «Σάμαινα» ήταν ελάχιστες, ενώ η σύγκρουση τρομοκράτησε τους επιβάτες. Στην πυραυλάκατο επενέβαιναν 38 άτομα, από τα οποία τα 34 σώθηκαν από της ναυαγοσωστικές λέμβους που έσπευσαν στην περιοχή. Σκάφη του πολεμικού ναυτικού και αλιευτικά, επιδόθηκαν σε έναν αγώνα δρόμου για να την ανεύρεση των 4 αγνοουμένων.

Και οι 4 βρέθηκαν αργότερα νεκροί.

Τα αίτια παραμένουν σκοτεινά. Οι ευθύνες φαίνεται να βαραίνουν και τις δυο πλευρές, κατά το πόρισμα της Επιτροπής Εμπειρογνωμόνων. Στο επιβατηγό πλοίο «Σάμαινα» καταρρίφθηκαν οι ευθύνες για την πρόκληση της σύγκρουσης και στην πυραυλάκατο, «Κωστάκος» στην μη αποφυγή της.

Το «Σάμαινα» πραγματοποιούσε ένα συνηθισμένο δρομολόγιο που εκείνη την ημέρα δεν παρέκκλινε της πορείας του, ενώ η πυραυλάκατος ήταν σε υπηρεσία, στα πλαίσια της άσκησης «Παρμενίων ‘96». Το «Σάμαινα» δεν έλαβε καμία ειδοποίηση για πιθανή διαστάυρωση των δυο πλοίων, αφού συνηθίζεται τα ακτοπλοϊκά σκάφη να μην ειδοποιούνται για δραστηριότητες του Πολεμικού ναυτικού, αν δεν λαμβάνει χώρα άσκηση με πραγματικά πυρά.

Το τραγικό αποτέλεσμα όλης αυτής της υπόθεσης, ήταν ο θάνατος 4 ανθρώπων.