Στις 9 Ιουλίου του 1956, ο μεγαλύτερος σε μέγεθος σεισμός στην Ελλάδα αλλά και την Ευρώπη στον 20ο αιώνα, χτύπησε τις Κυκλάδες και κυρίως την Σαντορίνη. Το τσουνάμι που ακολούθησε έφτασε σε ύψος 25 μέτρων και προκάλεσε ακόμα μεγαλύτερες καταστροφές.

Την προηγούμενη ημέρα, ένας σεισμός μεγέθους 4,9 Ρίχτερ ταρακούνησε την Αμοργό, αλλά ο πληθυσμός δεν ανησύχησε όσο θα έπρεπε. Όμως στις 5:11 τα ξημερώματα της 9ης Ιουλίου, έγινε ο κυρίως σεισμός. Που το μέγεθός του έφτασε τα 7,5 Ρίχτερ! Άλλες πηγές κάνουν λόγο για 7,7 Ρίχτερ. Όπως είπαν οι ειδικοί, η σεισμική δόνηση ισοδυναμούσε με την έκρηξη 10.000 ατομικών βομβών.

Το επίκεντρο ήταν στην θαλάσσια περιοχή νότια της Αμοργού. Πολλά νησιά υπέστησαν σοβαρές ζημιές, όπως η Αμοργός, η Ίος, η Πάρος, η Νάξος, η Κάλυμνος, η Πάτμος κ.α. Όμως ο σεισμός έπληξε κυρίως την Σαντορίνη, η οποία μέτρησε 53 νεκρούς, ενώ η ζημιές ήταν τεράστιες. Το 35% των σπιτιών κατέρρευσαν και το 45% παρουσίασαν μεγάλες ή μικρές ζημιές.

Τον σεισμό ακολούθησε ένα τσουνάμι ύψους 25 μέτρων στις ακτές της Αμοργού, 20 μέτρων στην Αστυπάλαια και 10 μέτρων στην Φολέγανδρο. Σύμφωνα με δημοσιεύματα της εποχής, μια γυναίκα έχασε την ζωή της από το τσουνάμι στην Κάλυμνο.

Τρία χρόνια μετά από τους σεισμούς στο Ιόνιο, ο κρατικός μηχανισμός δοκιμάστηκε ξανά. Ο πρωθυπουργός Κωνσταντίνος Καραμανλής επισκέφτηκε ο ίδιος την Σαντορίνη πέντε ημέρες αργότερα, ενώ την είχε κηρύξει σε κατάσταση «τοπικής συμφοράς μεγάλης εκτάσεως».

Πολλές χώρες δέχθηκαν να βοηθήσουν, εκτός από την Μεγάλη Βρετανία, λόγω του Κυπριακού, που τότε βρισκόταν σε έξαρση. Ως αποτέλεσμα του μεγάλου σεισμού, μεγάλο μέρος του πληθυσμού της Σαντορίνης μετανάστευσε, κυρίως στην Αθήνα.